Il Tribunale federale respinge il ricorso.
La ricorrente era stata informata dei requisiti relativi alla controllabilità del tempo di lavoro, non vi aveva ottemperato e non aveva chiesto all'autorità competente informazioni sulla conformità del proprio sistema. Nell'esame del presupposto della buona fede, la giurisprudenza non tutela di principio le società che non hanno rispettato gli obblighi in materia di controllabilità del tempo di lavoro.
Le spese giudiziarie di 6'000 franchi sono poste a carico della ricorrente.