Le Tribunal fédéral rejette le recours.
La recourante avait été informée des exigences relatives à la contrôlabilité du temps de travail, n'y a pas donné suite et n'a pas demandé à l'autorité compétente des éclaircissements sur la conformité de son système. Dans l'appréciation de la bonne foi, la jurisprudence ne protège en principe pas les sociétés qui n'ont pas respecté les obligations en matière de contrôlabilité du temps de travail.
Les frais de justice de 6 000 francs sont mis à la charge de la recourante.