Nachdem der Nationalrat in der Sommersession die Vorlage in der Gesamtabstimmung mit 96 zu 86 Stimmen bei 9 Enthaltungen abgelehnt hatte, nahm die APK-S die Vorberatung des Geschäfts auf. Sie ist einstimmig auf die Vorlage eingetreten. Die Kommission hat sich vor allem mit den Nachhaltigkeits- und Sozialbestimmungen sowie mit den möglichen flankierenden Massnahmen zur Abfederung der Auswirkungen des Freihandelsabkommens auf die Landwirtschaft befasst.
In der Detailberatung hat sie sich dafür ausgesprochen, dem einschlägigen Bundesbeschluss vier Artikel hinzuzufügen. So beantragt sie mehrere flankierende Massnahmen zugunsten der Landwirtschaft und der Nachhaltigkeit. Mit 9 zu 4 Stimmen hat sie den Bundesrat aufgefordert, für den Zeitraum 2028–2033 zusätzliche 517 Millionen Franken zur Erhöhung der Wettbewerbsfähigkeit der Agrarbetriebe vorzusehen: 480 Millionen Franken für Investitionskredite und 37 Millionen Franken für die Absatzförderung, ein Teil davon für die Förderung von Landwirtschaftsexporten. Zudem sollen die Strukturverbesserungsbeiträge mindestens auf dem Niveau des Voranschlags 2026 belassen werden.
Ebenfalls mit 9 zu 4 Stimmen hat die Kommission beschlossen, dass der Bundesrat die Auswirkungen des Abkommens auf die Landwirtschaft und die anderen Wirtschaftssektoren aufmerksam beobachten und in diesem Zusammenhang regelmässig die zuständigen Parlamentskommissionen und die betroffenen Kreise einbeziehen soll. Ausserdem hat er dem Parlament fünf Jahre nach dem Inkrafttreten des Abkommens einen entsprechenden Bericht vorzulegen.